Hạt giống

Tổng cộng có 58 đội chơi ở vòng loại thứ ba: 25 đội tham gia vòng này và 33 đội giành chiến thắng ở vòng loại thứ hai. Lễ bốc thăm được tổ chức vào ngày 15 tháng 7 năm 2016.[7][32] (Lưu ý: Những con số cho mỗi đội đều được UEFA gán trước khi bốc thăm để xác định đội xếp hạt giống và đội không xếp hạt giống.)

Tóm tắt

Các trận lượt đi diễn ra vào ngày 28 tháng 7 còn các trận lượt về diễn ra vào các ngày 3 và 4 tháng 8 năm 2016.

Các trận đấu

Lokomotiva thắng với tổng tỷ số 3–2.

Saint-Étienne thắng với tổng tỷ số 1–0.

AEK Larnaca thắng với tổng tỷ số 2–1.

Maccabi Tel Aviv thắng với tổng tỷ số 5–2.

Vojvodina thắng với tổng tỷ số 3–1.

SønderjyskE thắng với tổng tỷ số 3–2.

Sassuolo thắng với tổng tỷ số 4–1.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Slavia Prague thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

Krasnodar thắng với tổng tỷ số 6–1.

AZ thắng với tổng tỷ số 3–1.

Beitar Jerusalem thắng với tổng tỷ số 4–1.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Austria Wien thắng với tỷ số 5–4 trên chấm luân lưu 11m.

Panathinaikos thắng với tổng tỷ số 3–0.

Osmanlıspor thắng với tổng tỷ số 3–0.

Maribor thắng với tổng tỷ số 2–1.

Gabala thắng với tổng tỷ số 2–1.

Hajduk Split thắng với tổng tỷ số 6–1.

Brøndby thắng với tổng tỷ số 3–2.

Tổng tỷ số hòa 2–2. İstanbul Başakşehir thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Arouca thắng nhờ luật bàn thắng sân khách.

Rapid Wien thắng với tổng tỷ số 3–0.

Genk thắng với tổng tỷ số 3–1.

Shkëndija thắng với tổng tỷ số 2–1.

West Ham United thắng với tổng tỷ số 4–2.

Midtjylland thắng với tổng tỷ số 2–1.

IFK Göteborg thắng với tổng tỷ số 3–2.

Slovan Liberec thắng với tổng tỷ số 4–1.

Gent thắng với tổng tỷ số 5–0.

Grasshopper thắng với tổng tỷ số 5–4.